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1、转化效率较低：薄膜太阳能电池的理论转化效率上限虽然高，但目前的实际转化效率还达不到晶硅电池的水平，这使得在相同面积下，薄膜电池的发电能力较晶硅电池低。
2、稳定性较差：薄膜电池的材料稳定性相对较差，容易受到外界环境的影响，如温度、光照等，这会导致其性能逐渐衰退，即所谓的“老化”现象，而晶硅电池在这方面表现较好，具有更长的使用寿命。
3、成本较高：虽然薄膜电池的生产成本理论上较低，但由于其转化效率较低，为了获得与晶硅电池相当的电量，需要更大的安装面积，这也使得总体成本增加，薄膜电池的制造过程可能涉及稀有材料的使用，这也增加了成本。
至于薄膜电池与晶硅电池的对比，两者各有优势与劣势，晶硅电池是目前主流的太阳电池，其转化效率高、稳定性好、寿命长，但成本相对较高，而薄膜电池则具有成本低、材料消耗少、易于大面积生产等优势，但其转化效率较低、稳定性较差，两者之间的选择取决于具体的应用场景和需求，在一些对成本要求较高的场合，可能会更倾向于选择薄膜电池；而在需要高转化效率和长寿命的场合，晶硅电池可能更受欢迎。
薄膜太阳电池在转化效率、稳定性和成本等方面相对于晶硅太阳电池存在一定的劣势，但在实际应用中，应结合具体情况进行选择。